但是，“二次革命”的领导者没有发动广大人民群众参加。仓促上阵的讨袁军，缺乏战略计划和统一指挥，缺乏战略协同，他们冷冷清清，孤军奋战，甚至连多数国民党议员都还在北京留恋议席。在这种情况下，袁世凯靠帝国主义的支持，以优势的武力，很快把讨袁军打败。
8月18日南昌落入敌手，9月1日，南京又被攻占，原来宣布独立的各省，在战争失利的情况下，先后撤销独立。“二次革命”在不到两个月的时间内失败了。领导这次革命的孙中山被迫又一次流亡日本，重新组织力量，准备发动新的革命。
广东代理都督陈炯明强行宣布独立
湖南都督谭延闿宣布与袁世凯脱离关系
